第二次世界大戰前夕，一名普通的陸軍士兵（龜梨和也 飾）因幫助同伴而毆打長官，隨后被軍事法庭判處死刑。關鍵時刻，名叫結城（伊勢谷友介 飾）的神秘【mì】男子突然出現，并將之吸納進專門培養間諜的秘密部門——D機關。歷經層層考驗，青年終于得到第一項任務。不久前某猶太科學家遭到暗殺，而他記載著最新式武器設計圖的黑色筆記據說落入美國大使埃內斯特·格雷厄姆（Richard Moss 飾）手中。青年化名嘉藤次郎來到了被稱為魔都的城市，伺機盜出筆記。與此同時，英、蘇、德等國的特工也聞風而動，頂峰的間諜大戰即將展開……