當HYDRA的秘密不再是秘密之后，該劇便可以全力在這方面展開劇情了。在第二季中，新任神盾局局長Coulson和他的團隊成了「通緝犯」，HYDRA組織仍在追殺他們，而且能夠調動的資源已經非常有限，但那不會阻止他們繼續「為世界的和平與安全而戰」——畢竟已知的和未知...