電影《史前超人》講述的是公元一萬五千年前，高度文明的亞特蘭蒂斯大陸被一場大海嘯掀入海底，隨后新的生命和文明再次在地球誕生。明朝末年，鄭成功的副將唐文瀾在大海中拾獲裝有亞特蘭蒂【dì】斯王子的命運女神之匣，并將嬰兒收養為義子，取名唐律。唐律生來便具有亞特蘭蒂斯人的超能力，神的血脈讓他的外貌始終維持在26歲的模樣。為了尋找圣石的下落，唐律從歐洲回到2018年的中國，與身世神秘的屌絲女記者朱安安相識，朱安安無意中觸發了引動圣石的媒介，令她也擁有了某些常人不具的異能，兩人鬧出各種匪夷所思的笑話。與此同時，國外某神秘機構的生化科學家、擁有黑暗力量的小矮人月見璃博士一直覬覦圣石，并不惜一切代價找尋與亞特蘭蒂斯有關的事物，正邪大戰一觸即發……