真新鎮的少年年滿10歲之后，就可以得到訓練神【shén】奇寶貝的資格。10歲的少年小智（松本梨香 配音）以成為最厲害的神奇寶貝訓練大師為目標，即將踏上了修行之旅。小智因為早上賴床遲到，險些失去挑選神奇寶貝的資格，無奈下他領走了一只被挑剩下的神奇寶貝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名電氣鼠，雖然長相可愛，但性格含羞內向卻又不親近人類，稍有不滿就亂放電電人，暴躁的脾氣讓小智吃盡了苦頭。大木博士把神奇寶貝圖和寶貝球作為踐行禮物送給了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇寶貝的世界有許多謎題和探險在等著他們，迎接他們的到底是光明還是黑暗，小智能否如愿成為神奇寶貝大師呢？