在第二部里，包拯（陸毅 飾）已經褪去了初生牛犢不怕虎的生澀和沖動，而成了穩重有擔待的縣城父母官，偏安一隅為民請命。這天收到皇上急召回京，查辦收受賄賂貪污的官員接連連續死亡的案件。少年包青天再次出動，而沿路上在各個案件里遇見的王朝馬漢、張龍趙虎，日后都會是我們熟悉的大名鼎鼎的包公身邊的護衛人物。公孫策（任泉 飾）已然拜服在包拯的聰明才智下，甘愿輔佐他辦案。這次遇見的姑娘的是慣偷小蜻蜓（范冰冰 飾），活潑搗蛋的她一直身份神秘，直到案件去到大畫家馮止水事件，大家才明白小蜻蜓的身世悲慘：收養她的義父自小視他如己出，為她親筆作畫《牡丹亭上的少女》，內藏一秘【mì】密。后來失蹤于江湖再無音信，多年來小蜻蜓用盡辦法找尋義父下落皆無消息，這次唯有希望包拯能查出事情真相。