東京峰會召開在即，為了確保會議順利進行，日本警方出動約兩萬名警力對位于東京灣的超大設施“海洋邊緣”進行安保工作。可就在嚴密的防控下，此地已然發生了爆炸案。令柯南（高山南 配音）等人始料未及的是，現場居然留下了對毛利小五郎（小山力也 配音）極其不利的證據。在此之后，小五郎 遭到逮捕。柯南則發現安室透曾出現在爆炸現場，并且負了傷。為了還毛利叔叔的清白，柯南和阿笠博士以及少年偵探團的小伙伴們聯合起來勘察現場，搜集證據。隨著調查的深入，柯南發現這起爆炸案隱藏著包括恐怖分子、公安在內多方的復雜關系，而真相更令所有人瞠目結舌……