與冥王哈迪斯慘烈戰斗終于結束，世界再次回到光明之中。但對于圣斗士來說，卻傷亡何其慘重。黃金圣斗士全部陣亡，星矢雖然在最后的決戰中僥幸逃生，卻落得五感盡失，形同廢人。　　然而，這來之不易的和平卻無法持續太久，在經歷了撒加叛亂、海神波塞冬、冥王哈迪斯等危機之后，另一支邪惡之手也向人類世界伸來。這便是太陽神阿波羅——女神雅典娜的哥哥。他此番帶領神斗士前來，企圖將人類消滅。對于雅典娜及其麾下的圣斗士來說，這是前所未有的大危機…