故事描述一個叫屁祖隱的女人帶著5歲的少年來到野原廣志和美冴的家里，告訴他們自己是廣志和美冴的5歲兒子新之助的親生母親。二人留宿的當晚【wǎn】，野原家遭到神秘忍者集團的襲擊。新之助被綁架了。屁祖隱家是忍者的故鄉，世代守護著地球的能量“寧特魯”的家族。于是，地球的存亡就交給了新之助的忍法。