繼《迪迦奧特曼劇場版:最終圣戰》的故事時間之后火星移民計劃啟動，人類紛紛登陸火星和其他領域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 轉眼間7年過去了，人類取得了巨大的突破，開始了對多種未知世界的開拓。地球人懷著單純的憧憬以及無限的探求心，向太空進發，人們將此稱為新領域的時代。但與此同時，一些新的可怕力量也都蘇醒過來。 本作的主人公飛鳥信，是在光中消失的宇航飛行員飛鳥一馬的兒子。當時的飛鳥信還和他的父親約定回來看他打棒球，在此時他卻從戴民長官那里得知了噩耗。