在人們還沒有察覺到的時候，未知的病毒——漏洞體，已經在社會上蔓延開來。政府在圣都大學附屬醫院秘密設立了電腦急救中心（CR），以應對病毒蔓延的情況，避免人類走向滅亡。在數字游戲的世界中，打敗游戲病毒漏洞體！使用與游戲企業【yè】共同研發出的玩家驅動器與卡帶，候選人醫生就能變身為假面騎士！年輕的實習醫生寶生永夢背負的命運，就是變身為假面騎士艾克賽德，保護患者不受漏洞體侵害。