在防衛隊長官·四之宮功的判斷下，日比野卡夫卡逃過了被做成武器的命運，但依然處于被關押狀態。在第三部隊的新人們接到調動命令，紛紛趕赴各自要去往的新部隊時，率領第一部隊的最強者·鳴海弦出現在了卡夫卡面前。　　鳴海表示不需要作為隊員的卡夫卡，為了讓他認可自己，卡夫卡必須直面“怪獸8號”那過于強大的力量。但與此同時，“怪獸9號”的威脅也在暗中逼近…